合同补充协议签署在后，一般以补充协议所约定内容为准。具体依据如下：

1、补充协议中一般都会在尾部写明“原合同与本补充协议不一致的，以本补充协议为准”;

2、补充协议签署在后，与主合同不一致，应视为双方对主合同的变更，因此应以补充协议为准。合同是当事人或当事双方之间设立、变更、终止民事关系的协议。依法成立的合同，受法律保护。

补充协议与原合同的效力是什么?

一般来说，补充协议与原合同的效力一致，两者发生冲突时，一般以在后成立的补充协议的约定为准，但是当事人另有约定的除外。